3、聯營模式的主要問題
聯營模式的“四流”不一致和增值稅抵扣鏈不閉環導致聯營模式在增值稅下主要存在兩個問題：
（1）涉嫌虛開增值稅發票
目前建筑市場中資質提供單位的發票管理存在兩種情況，一種是采取核定征收所得稅的企業，這種企業由于核定征收所得稅，稅務機關不怎么稽查企業的成本和利潤，所以其發票管理很不規范，甚至有些企業就沒有工程上的發票管理，企業利潤直接為資質使用單位上交的管理費扣除企業管理費用。第二種采取查賬征收所得稅的企業，這種類型的企業需要大量的發票來抵充企業工程成本，這些發票都是由資質使用單位通過購買等手段獲取的?！盃I改增”后，建筑企業實行以票控稅，因此建筑企業必然要完善核算體系，并取得能夠抵扣銷項稅額的增值稅專用發票（或其他抵扣憑證）。如果這些增值稅發票仍然由資質提供單位通過一些手段提供，這里面可能會涉及到虛開虛收增值稅發票的問題，而虛開、虛收增值稅發票是需要負刑事責任的。
（2）資質提供單位稅負大為增加
由于資質提供單位能夠獲取抵扣的進項比較少，“營改增”之前，企業只要繳納3%的稅負，“營改增”后，企業需要繳納11%的稅賦（進項稅額幾乎沒有），企業稅負大大增加。
4、企業的應對措施
聯營經營的施工企業最好的應對措施就是改變其經營模式，轉變為總分包模式或者直營模式。這樣就能夠徹底解決經營模式上的“四流”不統一的問題和增值稅抵扣鏈不閉環的問題。另外，從建筑行業發展的規律可以推測出，未來聯營模式的企業將會逐漸被市場淘汰出局。聯營模式能夠存在的根本原因是資質依然是中國建筑企業的市場準入憑證，在這種情況下，資質起到一個進入市場敲門磚的作用，所以資質產生了價值，高資質的企業可以通過出租資質來獲取管理費。但是應該看到資質本身并沒有為市場創造價值，沒有為客戶創造價值，資質僅僅是主管機構管理建筑市場的一個手段，隨著建筑市場的完善和市場管理手段的成熟，未來將會逐漸淡化資質的作用，屆時資質聯營模式將沒有市場生存空間。
同時我們也看到，對于一直以“聯營模式”生存的施工企業，短時間內改變其經營模式，變為總分包模式或者直營模式非常困難。因為依靠聯營模式生存的企業，其市場營銷能力和工程履約能力幾乎已經喪失了，而這些能力在短時間內難以培養起來；另外，企業管理層的盈利習慣難以改變，讓一個習慣了躺著掙錢的老板一下子變為通過加班加點地管理整個項目來掙錢，也幾乎是不可能的事情。因此這類仍需要依靠聯營模式生存的企業，可采取集中管理模式的應對策略。由資質提供單位對工程項目進行集中管理。集中管理工程項目的材料供應商和分包單位，實現合同的集中管理、發票的集中管理、資金的集中管理，使得增值稅銷項主體和進項主體均是資質提供單位，實現增值稅進銷項相匹配。而工程項目的施工與管理仍然由資質使用單位完成。當然資質提供單位與資質使用單位之間管理費計算方式也需要發生改變。資質提供單位應改變策略，將由于“營改增”導致企業稅負的變化全部轉移給資質使用單位。需要指出的是這種集中管理方式會增加資質提供單位的管理工作量，同時也有違反建筑法相關規定的風險。
