關于一些實行“營改增”后可能出現的問題，這里有一些應對之策可以解決難題。
1.樹立正確的增值稅抵扣意識
為了能夠在“營改增”的大環境下盡可能地降低企業稅負，建筑施工企業的領導必須樹立正確的增值稅抵扣意識，積極去了解和掌握增值稅相關知識內容，在投標、簽訂合同以及施工全過程中做到能夠充分考慮如何轉嫁稅負和進項稅抵扣問題。同時，要積極向各個部門貫徹“營改增”的相關內容，督促各個部門積極配合領導工作，以達到降低企業稅負的目的。
2.完善建筑施工企業內部結構
建筑施工企業應當對企業內部結構進行細化，避免混合經營情況的發生，對于一些部門經營和兼營項目進行拆分再分別進行核算。各個部門對于一些施工方案的制定可以通過開會等形式就如何降低印花稅以及隨主稅征收等稅種進行討論，然后選擇最優方案進行施工。
3、實行完全的價稅分離
也即在現有報價的基礎上，扣除原有計取稅費3.42%后，再行將原材料報價中已包含的稅費扣除，實現真正的裸價。在裸價的基礎上重新組價，細化調研各種材料價格由于開具增值稅抵扣專票后，是否存在除稅外的市場價格上行因素，重新確定取費價格。這種測算方式，我們認為會使建筑企業投標工作變得復雜化。如投標書的編制中有關原材料、燃料等直接成本不包含增值稅進項稅額，實際施工中，在編制標書中卻很難準確預測有多少成本費用能夠取得增值稅進項稅額。這就需要大面積地開展不同項目類型的測算工作。
4、記取綜合稅負
即在現有報價體系的基礎上，不做大的修改，僅將原取費標準中的3.42%修改為經過大量數據測算的建筑行業平均綜合稅負。這是對現有工程造價體系最簡單的修訂方式，但如何確認平均綜合稅負卻是棘手的問題。這種綜合稅負取費方式，實際上是以計劃管市場，我們認為可以作為解決建筑業營改增對工程造價要求的過渡政策。
5.優化并完善抵扣鏈條
深化分工協作，優化投資向導，打通增值稅抵扣鏈條，使原來不能抵扣的增值稅納稅人外購勞務所負擔的營業稅及營業稅納稅人外購貨物所負擔的增值稅的重復征稅問題得以消除。對于建筑業中勞務部分、原材料部分可提供合法有效的憑證。
